A autonomia administrativa da Torre do Tombo poderia ter contribuído para uma maior agilidade no desempenho das funções que lhe estavam adstritas, mas na prática o que aconteceu foi uma descoordenação entre a política arquivística geral e o Arquivo Nacional, que ficava fora da rede de arquivos do Estado. Pelo que se conhece desta fase da vida do arquivo – que durou até junho de 1992, altura em que a coordenação da rede de arquivos passou a estar congregada num só serviço, com a designação de Arquivos Nacionais / Torre do Tombo – não vislumbramos quaisquer efeitos positivos da autonomização, pois não se notou uma maior dinâmica em nenhum aspeto essencial.
Entretanto, em 1990, ocorreu a mudança de instalações para o atual edifício, construído de raiz, e com ela o consequente aumento do acervo documental, mercê da integração definitiva do Arquivo dos Feitos Findos, do Arquivo Histórico do Ministério das Finanças, dos “arquivos das Secretarias de Estado” que se encontravam na Quinta da Amora e na Biblioteca Nacional, dos arquivos provenientes de organismos extintos com o 25 de abril, dos arquivos pessoais de António de Oliveira Salazar e Marcelo Caetano, etc., etc.
O Decreto-Lei n.º 106-G/92, de 1 de junho, fundiu as competências do extinto Instituto Português de Arquivos, que havia sido criado em 1988, nos Arquivos Nacionais / Torre do Tombo e, assim, o Arquivo Nacional foi integrado na rede de arquivos do Estado, mas ficou “diluído” no organismo coordenador da política arquivística em geral, perdendo, na lei, a sua identidade. Além disso, passou a ter sobre si não apenas os graves problemas que herdou do passado, mas também todo o peso da rede de arquivos estatais. Esta situação foi alterada em 1997, passando a ter a designação de Instituto dos Arquivos Nacionais/Torre do Tombo (IAN/TT) e alargando as suas competências à esfera dos arquivos correntes e à salvaguarda e garantia dos direitos do Estado e dos cidadãos, mas mantendo-se o modelo anterior, ou seja, o Arquivo Nacional continuava a confundir-se com o próprio Instituto coordenador da rede de arquivos do Estado.
Com a lei orgânica de 2007, o arquivo recuperou a sua identidade, sendo novamente designado por Arquivo Nacional da Torre do Tombo e ficando na dependência da Direção Geral de Arquivos e, em 2012, no âmbito do Plano de Redução e Melhoria da Administração Central (PREMAC), passou a ser um serviço dependente da Direção-Geral do Livro, dos Arquivos e das Bibliotecas (DGLAB).