João Lúcio de Azevedo descende, pelo pai, António Lúcio de Azevedo, de uma família açoriana. Sua mãe, Teresa Amélia de Azevedo, pertence a uma família de Mafra, onde seus pais vieram a fixar residência, na freguesia de Santo André. Após a morte da mãe, foi educado pela avó materna, tendo frequentado a escola pública local, mas vindo a fazer exames no Porto.

Inscrito no Colégio do Sérvulo na Junqueira, em Lisboa, a partir de 1868 realiza vários exames como aluno externo no Liceu Nacional de Lisboa, inscrevendo-se depois no Instituto Industrial e Comercial de Lisboa, onde obteve o diploma em 1872. Foram seus colegas Guilherme de Oliveira Martins, irmão de Joaquim Pedro de Oliveira Martins, e Henrique Lopes de Mendonça cuja amizade manterá ao longo da vida.

A sua formação continuou, na aproximação a outras culturas, línguas e civilizações. A primeira experiência é proporcionada pelo Brasil para onde parte em 1873 e que virá a deixar só em 1900, para se fixar em Portugal, não sem que antes tivesse visitado a América do Norte (esteve em Nova York Iorque em 1896). Depois do regresso à Europa visitaria também França (tendo vivido algum tempo em Paris), Suíça e a Alemanha. Com estas deslocações se relaciona o conhecimento de várias línguas. Das suas capacidades neste domínio são testemunho as recensões que faz de obras originais em francês, inglês e alemão e o facto de ter estudado o holandês para poder trabalhar sobre a história dos judeus e dos cristãos-novos, especialmente sobre Bento de Espinosa. Traduz a biografia de Espinosa por João Coleus (só publicada em 1934).

De acordo com a sua opção cultural mais profunda, deve ter tido especial significado a oportunidade de desenvolver a sua formação no Brasil, proporcionada pelo seu primeiro trabalho na livraria Tavares Cardoso, no Pará, a que se seguiu a actividade numa empresa de borracha e numa companhia de navegação fluvial. Casa entretanto, com uma sua prima, Ana da Conceição Botelho, de quem teve três filhos. Para que pudesse assumir a gerência de uma companhia de navegação fluvial em Belém, de acordo com as exigências da legislação vigente, naturalizar-se-ia brasileiro. No Instituto Histórico e Geográfico Brasileiro, virá a ser admitido como “sócio nacional” (1895).

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