Na comunidade brasileira fortalecia-se a consciência de nação, que obtivera a independência, que se afirmara como Império e adoptava, no final do século XIX, a forma política republicana. Assim se pode entender o comentário de José Honório Rodrigues acerca dos debates historiográficos no Brasil, que representaram uma oportunidade para reciprocamente se conhecerem, Lúcio de Azevedo e os historiadores brasileiros seus contemporâneos. Desenhava-se um novo círculo de amizade que perdurará ao longo da vida: Oliveira Lima e Capistrano de Abreu, dois dos prestigiados historiadores brasileiros cujas obras Lúcio de Azevedo apresentará e elogiará, mais tarde. Foi também aceite como sócio correspondente no Instituto Histórico e Geográfico de S. Paulo (1909) e no Instituto Arqueológico e Geográfico Pernambucano (1915).

O segundo período da sua vida decorrerá até 1921 e será assinalado pelos principais estudos históricos. A abrir, Os Jesuítas no Grão Pará, em 1901, O Marquês de Pombal e a sua época, 1909, os trabalhos sobre o Pe. António Vieira, o primeiro dos quais sai em 1912; o primeiro artigo sobre o Sebastianismo, em 1916, sobre Bandarra em 1917; e, em 1921, a História dos Cristãos Novos Portugueses. Este período decorre fundamentalmente em Lisboa onde continuará a pesquisa documental nas bibliotecas e arquivos de Lisboa, Coimbra e Évora. Nesta fase Lúcio de Azevedo reafirma uma visão crítica baseada em documentos e, acerca dos seus antecessores, apenas elogia o académico Francisco Luís Gomes que manifestara idêntica atitude em Le Marquis de Pombal, esquisse de sa vie politique (1869), obra que considera “a todos os respeitos notável, e a primeira, digna da história, que sobre o assunto se escreveu”. E a propósito declara querer “afastar-se da controvérsia, consultar na origem os documentos, escutar testemunhas de presença, principalmente aquelas cujos relatos não tenham a publicidade por fim”. E opta pela vida pública de Pombal como base da sua indagação, começando por estudar a embaixada a Londres e depois a Viena e a entrada no reinado de D. José, a corte e as facções, o terramoto e o atentado contra o rei, o quadro das relações internacionais na Guerra dos Sete Anos, a questão dos jesuítas, terminando com as páginas dedicadas ao apogeu, ao declínio e ao “acabar”.

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