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A 23 de Outubro deu-se mais um passo para a normalização da Instituição e seus académicos, ao aprovar-se a existência de um diploma e um bilhete de identidade. Foi esta a última reunião do Conselho, neste ano de 1940, o que só pode encontrar explicação nos muitos afazeres dos respectivos membros, neste período fundamental das Comemorações em que decorreu a grande exposição do Mundo Português (23 de Junho a 2 de Dezembro). Nela estiveram comprometidos muitos académicos, nomeadamente o Secretário Geral, que era director do Pavilhão dos Portugueses no Mundo. Porém, as sessões ordinárias mantiveram o ritmo do ano anterior.
Em 1940, o plano de publicações programado, a que foi dada cabal resposta, teve o valor global de 350 contos, sendo editadas as seguintes obras: Cartas dos Governadores da Província do Alentejo a El-Rei D. João IV; Cartas dos Governadores da Província do Alentejo a El-Rei D. João IV e a El-Rei D. Afonso VI; Cartas dos Governadores da Província do Alentejo a El-Rei D. Afonso VI (2); Cartas de El-Rei D. João IV para Diversas Autoridades do Reino; O Manuscrito de Valentim Fernandes e Cartas de El-Rei D. João IV ao Conde da Vidigueira (Marquês de Niza) Embaixador em França.
E a vida da Academia Portuguesa da História manteve-se dinâmica para além do objectivo primeiro que presidiu à respectiva refundação. Iniciou-se, por determinação estatutária, mantendo-se até à actualidade, a edição de um Boletim anual, bem como a publicação sistemática dos Anais. Nomearam-se mais Académicos, pediu-se prorrogação de mandato do Conselho, o que seria concedido por Manuel Lopes de Almeida, Sub-Secretário de Estado da Educação Nacional, em 22 de Fevereiro de 1941, surgiram mais projectos, tomaram-se decisões, aprovaram-se outras publicações, nomearam-se comissões, reformularam-se e discutiram-se os Estatutos. Em 1945 foi nomeado novo Presidente – o Doutor Caeiro da Mata. Manteve-se no cargo até 1963, sendo depois substituído por Laranjo Coelho a quem se seguiu, em 1966, Manuel Lopes de Almeida. António Silva Rego ocuparia o cargo em 1972, sendo continuado por Joaquim Veríssimo Serrão entre 1975 e 2006.
São seus Presidentes de Honra, por inerência, os Presidentes da Republica.
