Alvo de processo judicial e intimidado de prisão, como co-diretor (com Azevedo Gomes e Hernâni Cidade) do Diário Liberal, a ditadura de novo investe contra JC ao expulsar em 1935 o dilecto discípulo, Sílvio Lima (V.), cerrando o ambiente antifilosófico (modo universitário da degradação da liberdade pública), no qual outros não acharão espaço livre para o ensino, a escrita, a meditação, a vida, como nos casos de Agostinho da Silva e Eduardo Lourenço se elucida.

Por fim, a ditadura reforça o cerco ao próprio sítio reflexivo quando se instalar no governo universitário e na regra ideológica e didáctica, c. de 1950, a geração integrista liderada por Miranda Barbosa, que não só não argúi o autêntico clima de repressão filosófica como, nalguns casos, o nutre. Resiste, aliado à editora Atlântida, lançando a Revista Filosófica (edita Lourenço, Vieira de Almeida, Curvelo, Lima e muitos) e a excelente coleção Biblioteca Filosófica (assegurada após a sua morte por S. Lima) com o apoio de esclarecidos universitários situacionistas que, à revelia do ditador, não impugnam a virtude da discussão filosófica (Moncada, Mário de Figueiredo, Maximino Correia, Afonso Queiró) e tentam reparar a abolida Imprensa da Universidade, confiando-lhe a direcção das Acta Universitatis Conimbrigensis, onde o seu poder editorial é todavia diminuto.

Resiste, ainda, com intensa actividade na Academia de Ciências de Lisboa, iniciado aos 30 anos na cátedra de História da Ciência. Achará no Brasil, perto do final da vida, a fresta para o ar da liberdade, reforçando laços com a intelectualidade filosófica. O seu esforço, sintetiza numa carta, visa ancilar “o grande dormente a despertar”: a filosofia é o vértice dum vasto plano demopédico que não se perdera, desde a Universidade Livre de Coimbra (II-1925), com Aurélio Quintanilha, Tomás da Fonseca e outros: intenta combater o fanatismo e o espírito de intolerância. E apoia no progressismo ideológico, mais do que na agenda política, a Seara Nova, traduzindo M. G. Morente (Ensaios sobre o progresso; A Crença no progresso), editando um original (Oróbio de Castro) e intervindo em sessões públicas. Estreitará, mormente por via epistolar na longa expatriação destes, a imediação com António Sérgio e Raul Proença.

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