No antigo dissídio que parece presidir à própria história da filosofia, abraça a clara construção eidética e platónica do Saber, que o neokantismo melhor revela. Filosofar, longe do formalismo lógico-escolástico do Organon, “infecundo” pensamento, é ars inveniendi movida pelo “imperioso desejo de descobrir alguma coisa de novo”(OC, I, p.11). Não só a ciência se destina a achar; nem apenas a experiência acha. Com efeito, JC não inferindo a fundamentação das ciências da Filosofia, «ciência dos primeiros princípios» na lição de Aristóteles, refém da lógica argumentativa e serva da sua linguagem, postulava uma relação outra entre Filosofia e Ciência que “não podia estar sujeita aos imperativos de uma racionalidade vertical, mas devia saldar-se numa permanente reflexão epistemológica respeitadora da autonomia (não digo independência) de ambas as formas de saber” («Joaquim de Carvalho e a História», Homenagem ao Doutor Joaquim de Carvalho no 1º Centenário do seu nascimento, Boletim da Biblioteca da Universidade de Coimbra, 42.º, 1994, p.10).

Os estudos de História das Ciências, impulsionados pelas escolas neokantianas do idealismo objectivo alemão, na tradição das «ciências do espírito» e da Historiografia das «ciências da cultura» (Windelband, Lask, Rickert, Dilthey), impugnavam a ideia vulgar segundo a qual as ciências se tivessem originado na Filosofia; mas no protesto mesmo contra a sua anexação totalizadora tinham a raiz. Daí que a Filosofia, na matriz crítica e reflexiva, no sentido especulativo meta-física (termo que, contra Kant, reintroduz no glossário idealista), não se limitasse à discussão dos resultados das Ciências, como o positivismo e o cientismo, no ocaso do século XIX exigiam, ou se elegesse em enciclopédia geral ou teoria do conhecimento. Ela própria gera autónomos sentidos sobre os discursos da physis. JC socorre-se de Espinosa para entender como a natura naturata, concreção do ideal ordenador more geometrico de sistema, aclara mas não resolve a criação filosófica inscrita no fluir da vida, natura naturans (OC, I, p.358), aspirando (bem legível na Antheriana) a uma leibniziana harmonia cósmica, como suprema virtu (ou «verdade») metafísica (Idem, III, p.349), não como termo pacificador duma equação físico-matemática ou telos de uma evolução omnisciente. Pensava possível inscrever duas grandes tradições filosóficas, indo da Razão cartesiana (não do mecanicismo de Cartesius, ampliado no cientismo pp. dito dos séc.s XIX e XX) mediada pelo criticismo de Kant (expurgado o racionalismo apodíctico por Höffding e Max Scheler, postulando a variabilidade da razão, Idem, V, p.306): “em todos os tempos, a filosofia, que não é mera intuição poética, se apoiou na ciência, mas tendeu sempre a evadir-se das suas fronteiras para surpreender as essências”; daí que “ao contrário da ciência, cujo ideal é a impessoalidade fria, a filosofia é sempre uma conquista pessoal ou uma adesão consciente ou reflectida” (Idem, I,, p. 356).

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