Saber e filosofar, gnosiologia e metafísica, não configuram modos, métodos e desfechos similares: só a razão histórica diltheyana permite refazer na ontologia saberes e especulações: “O homem, como ser histórico, converte o meio natural, que lhe é dado, em mundo cambiante e múltiplo, mediante a ciência e a técnica, a objectivação dos valores e a unidade da visão metafísica ou da configuração simbólica da poesia e do mito” (Idem, VIII, p.9).

Para interrogar a história da ciência, JC interessou-se basicamente por dois painéis de questões: partindo da cultura medieval surpreendeu a origem do «ideal moderno de ciência» e do século do génio (o XVII) contra o «universal abstracto» aristotélico, como saber em devir, no acume galilaico que Russell analisara não como mero episódio do conflito entre fides e ratio, mas entre espírito de indução e espírito de dedução: em consequência, atendeu às deslocações das “inquietudes humanas do domínio da transcendência para o da imanência”(Idem, V, p.308), desdivinização do mundo num horizonte secularizador dos estudos filosóficos, anulando o arcano vínculo entre Filosofia e Teologia, homo methaphisicus e homo credulus. Noutro painel, no domínio crescente sobre a Natura e na “precisão instrumental do método científico”, antropologia nova do homo sapiens na afirmação racional do Aufklärung, como consequência, compôs laudas para uma biografia da Razão. Para estes campos acartou minuciosa fundamentação bibliográfica e bibliológica das fontes, evidenciada no cotejo com a cultura portuguesa contemporânea: no confronto com coevos saberes universitários e com o que chamava «instituições de cultura», objectivava captar a desenvolução através de “estádios sucessivamente mais complexos” (Idem, II, p.357). O acume seria revelar uma ideia do mundo, “mundividência ou cosmovisão (a palavra pouco importa)”, cuja vivência (Erlebnis) forneceria o quadro compreensivo (mais do que explicativo) da actividade espiritual, historiograficamente investigada.

Portanto, ao desobjectivar o anterior objecto, ampliou diversos campos analíticos e qualitativamente os diferençou, desde 1916. Em 1943 reavalia o alcance da «história da filosofia portuguesa»: “Na fase actual dos estudos sobre história do pensamento científico e filosófico em Portugal impõe-se acima de tudo o esclarecimento de problemas de objecto preciso e limitado”, projectando a síntese esclarecedora quando a insanável doença não a deixa realizar, acartando já diversos painéis («Desenvolvimento da Filosofia em Portugal na Idade Média», 1927; «O pensamento português da Idade Média e do Renascimento», 1943; «Evolução da historiografia filosófica em Portugal», 1946).

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