Nunca perdendo a esperança de que um dia Povo e Elites se harmonizem numa ressurreição salvadora, como aconteceu em 1383, nas descobertas, na Restauração, na epopeia da formação do Brasil, e que quisera ver na República em Portugal. Fins dos anos Vinte e Trinta que passa em França e em Espanha, investigando e ensinando. Em 1940, por força da invasão alemã da França, reentrava em Portugal. Contudo, a sua actividade de republicano revolucionário não estava esquecida e o ditador não perdoava. Logo seria preso, e com outros enviado para o Forte de Peniche e “banidos da Pátria para o estrangeiro” (Elogio Histórico de Bernardino Machado, p. 35). Generosamente o acolhia então o Brasil. E passa a trabalhar no Gabinete Português de Leitura e na Biblioteca Nacional do Rio de Janeiro. Mais: em 1944 ingressa como professor no Instituto Rio Branco do Ministério das Relações Exteriores, escola de formação dos diplomatas brasileiros. Aí regeria as cadeiras de História da Cartografia do Brasil e de História da Formação Territorial do Brasil – de 1944 a 1950 – no seguimento da organização da Mapoteca do Itamaraty de que estava encarregado desde 1942 e que deveria servir de suporte às investigações empreendidas para a realização de um nunca concretizado Atlas Histórico do Brasil. Tratava-se de rever a História do Brasil que considerava já objecto dos seus estudos predilectos.

Brasil que não foi avaro para com o historiador português. Não por acaso foi encarregado de comissariar a notável exposição comemorativa do Quarto Centenário da Fundação de São Paulo, em 1954 (pelo que foi feito “cidadão benemérito” de São Paulo, raríssima distinção). Nesses anos de operoso exílio brasileiro (1940-1957) Jaime Cortesão desenvolveu os seus estudos maiores, numa maturidade tardia, precisamente com o Brasil como objecto: A “Carta” de Pêro Vaz de Caminha, Cabral e as origens do Brasil (Ensaio de Topografia Histórica), Alexandre de Gusmão e o Tratado de Madrid, Manuscritos da Colecção De Angelis, Brasil – libro 1, De los comienzos a 1799, Pauliceæ Monumenta Historica ou Raposo Tavares e a Formação Territorial do Brasil são alguns dos títulos de uma actividade intelectual marcante além Atlântico. Que deixou marcas fundas e influenciou decididamente a historiografia brasileira. Destaque-se que tomou a seu cargo mostrar a evolução da representação cartográfica do Brasil, ao mesmo tempo que esclarecia “as bases geopolíticas da sua formação.”

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