A possibilidade de constituição e alargamento de novos mercados em África fez com que, a partir de inícios do século XIX, em países como a Inglaterra e a França, fossem os próprios governos a promover e financiar as viagens científicas. As sociedades de geografia que, a partir de então, foram criadas tinham por fim apoiar essas actividades expedicionárias e retirar delas todo o proveito científico, político-militar e económico. As actividades de exploração foram em crescendo de complexificação científica, económica, tecnológica, estratégica, política e militar ao longo de Oitocentos e tiveram no continente africano o principal foco de atenção: até 1830, em torno da bacia do rio Níger; de 1830 a 1856, em torno do rio Zambeze, do lago Chade e das fontes do Nilo; por volta da década de 1870, nas viagens de travessia da região centro-austral e na localização e traçado da sua rede hidrográfica. Este interesse foi mais aguçado pelos resultados das campanhas de exploradores europeus com formação científica, bem equipados e apoiados por instituições científicas, económicas e estatais, como Livingstone (1866-1873), Cameron (1873-1875) e Stanley e Savorgnan de Brazza (1874-1875), na África Centro-Austral.
Consciente, por um lado, do atraso e impreparação técnico-científica, económica e institucional de Portugal face à concorrência colonial em África, que entrou num vórtice de decisões à escala europeia, e, por outro, da necessidade de argumentar com os direitos históricos de Portugal sobre regiões que, à época, eram disputadas por outros países, a SGL pautou a sua intensa actividade, até finais do século XIX, por três grandes finalidades: garantir o lugar de Portugal no movimento europeu de elevada disputa internacional pela partilha e redesenho imperialista do continente africano; avaliar os recursos nacionais disponíveis para o investimento na competição internacional; concentrar esforços na orientação da política e gestão coloniais sobre o conjunto do império português (com maior relevância dada ao caso moçambicano). Ciência e patriotismo assumiram as faces de uma mesma moeda numa conjuntura geopolítica marcada pelo mapeamento da nova política internacional em matéria colonial. Envolvido nesta teia de conflitos e interesses, Portugal viu as suas possessões ultramarinas serem disputadas pelas potências estrangeiras e os seus direitos, até então legitimados historicamente, postos em causa.