Esta mesma Agência Geral solicitou à SGL algumas colecções do seu acervo para uma exposição que estava a organizar em 1926. O acervo documental da SGL, que alimentou, a um tempo, um determinado imaginário ultramarino e o conhecimento técnico-científico, começou então a ser devotado a um desinteresse e isolamento progressivos (em especial a componente museológica) e a ser reclamado parcialmente por organismos oficiais do Estado. No mesmo processo de esvaziamento das competências da SGL, no domínio da divulgação do discurso expositivo em matéria colonial (e nacionalista), podemos incluir a Exposição Colonial organizada sob a responsabilidade directa do Estado, em 1934, nos jardins do Palácio de Cristal no Porto (iniciativa orientada para o grande público seguindo o modelo das grandes exposições temporárias, organizadas por toda a Europa desde o último quartel do século XIX e cujo evento significativo mais próximo se tinha realizado em Paris, em 1931 – a Exposição Internacional Colonial), assim como a Exposição do Mundo Português (Lisboa, 1940). No mesmo processo, há ainda a referir a reorganização dos serviços da Junta das Missões Geográficas e de Investigações Coloniais iniciada pelo Ministério das Colónias, em 1945, serviços que passaram a ser apoiados, do ponto de vista técnico-científico, pelo Instituto Superior de Ciências Sociais e Política Ultramarina, a partir de 1963. Desta forma, as autoridades nacionalistas assumiram directamente o controlo dos programas políticos de acção colonial sem recurso a interposta entidade civil, como a SGL.
Os estudos históricos promovidos e publicados sob a égide da SGL tiveram um foco e alinhamento temáticos bem definidos à época da sua instituição: justificar e provar os direitos históricos de Portugal em África, através da publicação de um conjunto de documentação em várias línguas, no contexto de uma nova conjuntura do expansionismo colonial europeu. Se, até então, a descoberta e a ocupação dos territórios eram critérios fundamentais para garantir o domínio de um qualquer país, a partir da Conferência de Berlim foi definido um novo direito internacional assente no princípio da ocupação efectiva e da liberdade de navegação nos grandes rios.