A repercussão dos projectos da SGL junto do governo ficou mais facilitada a partir do momento em que o seu primeiro Presidente, o Visconde de S. Januário, ocupou a pasta do Ministério dos Negócios da Marinha e Ultramar, em 1880. A fusão da SGL com a CCPG, ordenada pelo Decreto Real de 12 de Agosto de 1880, marcou o início de cooperação institucional e transformou a instituição de iniciativa privada em órgão de consulta científica e técnica do Estado português em matérias coloniais. Com esta aglutinação, a anterior comissão oficial passou a designar-se por Comissão Central de Geografia (CCG), conservando a sua organização e atribuições originais, e foi albergada nas instalações da SGL. A cooperação da SGL com o Estado obrigou-a a fornecer todas as informações e pareceres que lhe fossem requeridos sobre assuntos da sua competência, embora isso não esgotasse o modelo de cooperação. Por decreto de 10 de Março de 1882, um novo acordo de parceria foi homologado com o Estado, a saber: o Museu Colonial de Lisboa (criado a 17 de Maio de 1870, junto do Arsenal da Marinha) foi confiado à SGL. Em Julho de 1881, a Assembleia Geral da SGL aprovou um documento intitulado Apelo ao Povo Português em Nome da Honra, do Direito e do Interesse e do Futuro da Pátria, o qual visava alcançar vários propósitos: lançar uma subscrição nacional permanente destinada ao estabelecimento de estações civilizadoras nos territórios africanos; explicitar os seus planos em matéria de colonização através da divulgação de um mapa em que, a cor escura, destacava a área compreendida entre Angola e Moçambique, retomando o projecto de costa a costa proposto, em 1616, por Luís Mendes de Vasconcelos, então governador de Angola; sensibilizar a população para a competição internacional em matéria de imperialismo colonial em África; atrair investidores para a execução de um plano económico global nas colónias; definir claramente a localização dos empreendimentos prioritários, através da análise comparativa dos territórios, entre outros.
Tratava-se de um plano ambicioso, completo e estruturado como nenhuma outra potência europeia possuía em 1881 para a região centro-austral de África, ao qual faltou, porém, dar corpo. O mapa cor-de-rosa, divulgado em 1886, foi uma reedição do mapa de 1881 devidamente actualizado a nível de algumas pretensões que, entretanto, foram redefinidas no âmbito da Conferência de Berlim (na qual participou activamente Luciano Cordeiro).