Na sessão de Abril de 1889, a SGL fez o balanço da repercussão da sua actividade em prol da sensibilização e motivação da opinião pública e dos agentes económicos para os assuntos africanos nos seguintes termos: “o país corresponde com a máxima indiferença aos cuidados e esforços do governo (…). Há anos que nesta casa se fazem conferências, que se publicam relatórios (…) mas nem as informações, nem a perspectiva do interesse (…) actuam sobre o público em geral e sobre os nossos capitalistas em especial”. A sessão de 20 de Janeiro de 1890 foi uma manifestação de pesar pelo ultimato inglês às pretensões portuguesas na África austral e, apesar deste facto, Luciano Cordeiro não deixou de sublinhar “as muitas manifestações de aplauso e estímulo público” que a SGL recebeu à época. Com a acentuada alteração do direito colonial à escala internacional, verificada nas duas décadas finais do século XIX, a SGL recentrou a sua actuação na consolidação dos objectivos técnico-científicos tendo por referência os estudos geográficos e outros domínios do saber convergentes com o aprofundamento dos estudos e conhecimento coloniais.
A reforma estatuária da SGL de 1895 revelou a sua maior disponibilidade de recursos e a reorientação dos fins sociais para a “demonstração do lugar de Portugal na história da civilização e, em especial, na história da geografia, da navegação e do comércio, bem como a reivindicação histórica dos seus direitos e da sua individualidade independente e soberana” (art. 2º, n.º 2). Neste sentido, a SGL recorreria: à publicação de trabalhos científicos, em especial, através de um Boletim (editado desde 1876); à organização, conservação e desenvolvimento de uma Biblioteca e de “museus e colecções de objectos de interesse científico, industrial, comercial, artístico ou comemorativo”; à organização, cooperação e representação em congressos nacionais e internacionais; à comemoração pública de acontecimentos ou de indivíduos que tivessem honrado a ciência e o país; à concessão de prémios e distinções honoríficas, entre outros (art. 3º). A organização da SGL foi concebida em torno do “seguintes corpos de estudo e consulta”: CCG (nos termos do decreto de 1880); cinco comissões gerais (Africana, Americana, Asiática, Insular e de Emigração); e vinte e sete secções profissionais que abrangiam diversos domínios científicos como as artes e humanidades, as ciências exactas, naturais, sociais, militares, entre outros (cf. artigos 33º a 38º). O artigo 5º do estatuto geral de 1895 determinava que os fins da SGL eram contrários a “quaisquer propósitos, discussões e manifestações de política partidária, de controvérsia religiosa e de interesse e competência privativa de outras instituições”.