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Nos seus trabalhos e publicações, a Academia começa a definir um corpus de trabalhos e temas que podem ser interpretados como de excepcional interesse. Já vimos que a Academia dava grande preferência, em termos de volume de publicações, às fontes primárias, mas isso era especialmente verdade quanto a fontes medievais, como crónicas, quanto a fontes sobre a história dos primórdios da expansão portuguesa, com a publicação de títulos como o manuscrito de Valentim Fernandes ou Esmeraldo de Situ Orbis, e também cartas que dissessem respeito à história da diplomacia portuguesa, especialmente durante a Restauração. De resto, isso é principalmente visível nos Anais e nas apresentações à Academia, onde os trabalhos dos académicos se debruçam maioritariamente sobre história diplomática e política, história medieval, história dos descobrimentos e da expansão portuguesa, história militar e religiosa.
Estes temas formavam o núcleo dos trabalhos da Academia, mas é precisamente nos anos 1950 que começam a aparecer alguns temas/interesses mais inovadores na instituição. Surge, por vezes, uma história menos centrada em personalidades e mais focada nas instituições, por exemplo história do governo local ou de instituições de assistência. Esta corrente era claramente cara a historiadores da APH como Merêa ou Caetano. Também a história económica começa a aparecer na Academia, pela pena de Virgínia Rau e João Albino Ferreira. Ainda assim, estas tendências divergentes não devem ser tidas como regra na Academia. A maior parte dos trabalhos continuava a ser mais conservador, em termos historiográficos. Mesmo os temas recorrentes que não eram tão hegemónicos, como a historiografia e memória de historiadores – vistos especialmente nos trabalhos de António Baião sobre Alexandre Herculano – eram focados em grandes homens, sem metodologias inovadoras e de forma razoavelmente separada dos desenvolvimentos teóricos das décadas de 1940-1970 (histoire sérielle, begriffsgeschichte, etc). Para o efeito da construção de uma historiografia nacionalista, Portugal não estava tecnicamente atrasado. Já para o efeito de uma historiografia erudita, passava-se o contrário, pois a Academia perdia contacto com o meio universitário internacional.
Os trabalhos apresentados na Academia continuam a ser individuais, e as empresas colectivas acabam por não vingar.
