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Estes compromissos eram tão hegemónicos que em todas as discussões da APH, parecem omnipresentes e, ao mesmo tempo, passam quase inteiramente sem serem questionados enquanto elementos da vida diária do historiador. Em termos práticos, uma matriz científica permeava quase todas as discussões históricas. Isto era visível, em primeiro lugar, no uso muito frequente de raciocínios metonímicos e no foco sobre problemas de causalidade. Um exemplo disto foram discussões entre Alfredo Pimenta e Rui de Azevedo, em que o primeiro censura o segundo dizendo: “primeiro objectou-me que eu não conhecia todos os documentos de todas as Chancelarias medievais, e que pode ser que algum revelasse o uso do patronímico em nome de Rei. 'Pode ser?' A ciência não se faz com incógnitas; faz-se com o conhecido. Não é com o pode ser que se faz a ciência, mas com o é. Com o pode ser, faz-se romance e blague. […] Tudo o que concluímos é provisório. Nem a ciência tem a pretensão do definitivo. E não a tem, precisamente porque sabe que o amanhã é a correcção do ontem." (Alfredo Pimenta, [sem título] 1939, 1-2, itálico meu). Mas a ciência permeava mais que o discurso. Via-se a sua importância no peso que era dado às ciências auxiliares da história como a numismática, a cronologia, a paleografia, ou na organização de bibliografias. Em todas estas actividades, o principal aspecto era a procura de sistematização e de categorização do conhecimento, especialmente dos blocos com que, posteriormente, se construiriam narrativas.
Ainda assim, para além da frase, muitas vezes repetida, que os historiadores eram homens de ciência, o debate teórico na APH não era alargado. Durante o Estado Novo, a Academia apenas publicou um texto que lidava explicitamente com as implicações teóricas da filosofia da ciência na história. O texto intitulava-se “Probabilidade Histórica” e foi escrito em 1944 por Gastão de Melo e Matos, que viria a pertencer ao Conselho Académico alguns anos depois. A sua perspectiva estava largamente situada no contexto habitual dos debates ocidentais sobre a matéria. Começava por estipular que cada acção humana era parte Ciência, parte Arte, e focava-se claramente na primeira. Prosseguiria dizendo que a verdade científica é “essencialmente provisória”, uma questão que ocupava semelhantemente outros autores da filosofia da história e da ciência nos anos 1940. Esta era uma clara inovação (Silva Rêgo, History in times of Fascism, 27) em termos teóricos, se bem que numa lógica de continuidade face ao positivismo oitocentista.
