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O conflito mais definidor das décadas seguintes na instituição deu-se no final da década de 1940, entre Alfredo Pimenta e o Conselho Académico. Desde cedo, Pimenta foi um membro da Academia particularmente independente, para além da sua personalidade truculenta e conflituosa. Ao contrário da maioria dos restantes confrades, Alfredo Pimenta era uma figura pública que ocupava frequentemente o lugar de polemista na imprensa, para além de ser correspondente pessoal de Salazar (Braga da Cruz, Salazar e Alfredo Pimenta, 246-331). Isto permitia-lhe uma reserva de capital social, para além do capital cultural que advinha do seu trabalho escrito, que lhe dava independência e poder.
Logo em 1938, Pimenta resistiu a um convite (Silva Rêgo, History in times of Fascism, 55) que, implicitamente, o punha ao serviço do Conselho Académico, isto é, que desenhava uma hierarquia clara que não estava estatutariamente definida. Pimenta recusou porque “O Conselho não tem competência estatutária para tomar deliberações dessa natureza, e a Academia não lha deu. A Academia tem estatutos q. não se tem respeitado, -nem pouco nem muito, antes pelo contrario. A Academia não é formada por crianças ou servos, a quem o Conselho dê, sem mais apelo, ordens, ou indique serviços a prestar [sic]” (Pimenta, [carta enviada a Tovar]). Sem outras vozes que o apoiassem nesta questão, Pimenta acabou por não ter eficácia causal para além de se ausentar da comissão que lhe tinha sido proposta. O Conselho continuou a actuar de forma vertical. No entanto, este episódio era o início de um conflito dentro da própria Academia que iria definir a instituição nas décadas seguintes: até que ponto poderia um académico ser independente da instituição?
A princípio, o Conselho Académico era formado em parte por indivíduos de elevado capital social dentro do Regime. Luís Teixeira de Sampaio e o Conde de Tovar eram diplomatas. Manuel Múrias era publicista. No entanto, os restantes membros do primeiro Conselho tinham reduzido capital social e elevado capital cultural. António de Vasconcelos tinha sido director da Faculdade de Letras em Coimbra; António Baião era director da Torre do Tombo, onde também trabalhava Laranjo Coelho; Dornelas era escritor. Nos primeiros anos da Academia, os primeiros três membros acabaram por sair do conselho Académico (ou ausentar-se do mesmo, no caso do Conde de Tovar). Vasconcelos e Dornelas morreram.
