................................
Ao mesmo tempo, em 1954 António Baião volta à vice-presidência da Academia, ficando Marcelo como 2º vice-presidente. Na eleição seguinte, três anos depois, Laranjo Coelho substituiria Marcelo. Começava-se a ver um conflito entre quem encarava a APH como instituição de pesquisa erudita e moderna, e quem achava que a Academia estava plenamente estabelecida, e podia continuar os seus trabalhos como habitualmente.
Houve tentativas de contrariar essa tendência, como a eleição de Silva Rêgo e Manuel Heleno como vice-presidentes do Conselho em 1963 ou, mais importante e ainda no mesmo ano, uma apresentação de Joaquim Veríssimo Serrão sobre a possibilidade de uma Nova História de Portugal, onde se defendia, novamente, uma história elaborada colectivamente e de forma científica, não só no tratamento dos documentos, como no uso de todas as ciências auxiliares possíveis. Ainda assim, a Academia não iria mudar de rumo substancialmente até 1974. Cada vez com menos dinheiro, já que o seu orçamento não foi significativamente aumentado durante décadas, a Academia perdia os seus aspectos mais inovadores (trabalho colaborativo e crítico) e calcificava os seus aspectos mais tradicionais – documentalismo, comemoracionismo e patriotismo, continuando a produzir uma historiografia que se enquadra teoricamente na escola metódica, por um lado, e numa histoire événementielle, por outro, embora com excepções significativas. Mesmo num último esforço de publicar uma história de Portugal académica e erudita, a APH acaba por não receber suficiente dinheiro, e encomenda a Veríssimo Serrão uma história monográfica, o que vai contra o desideratum de trabalho colaborativo, para não falar da opinião expressa pelo próprio (Serrão, “Nova ‘História de Portugal’”, Anais II vol. 13, 111-137).
A Academia Portuguesa da História tinha-se transformado num local que, ao invés de liderar os esforços nacionais, era meramente reflexivo dos mesmos, tendo a Universidade, em Portugal, tomado esse mesmo lugar. O epítome deste facto seria a promoção de João Ameal e Costa Brochado a Académicos de número no final dos anos 1960.
