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Mas o aspecto mais interessante do texto de Melo e Matos era a sua comparação entre a história e as ciências exactas: "O método histórico é perfeitamente semelhante a este das ciências exactas, visto que é a hipótese, induzida de factos cujo número se julgou suficiente, que deve orientar a busca de novos conhecimentos. Tal busca não tem, nem pode ter, o carácter de experiência, já que lhe falta a voluntariedade; contudo a circunstância de ser dirigida também não permite catalogá-la de observação. / Somente a muito maior complexidade dos fenómenos e a impossibilidade de eliminação dos factores de perturbação, tornam o grau de probabilidade histórica inferior ao de outras ciências. / Assim, a História, considerada como ciência, é constituída por um corpo de hipóteses com todos os caracteres de verdade científica e de valor medido pelo seu grau de probabilidade; embora menor que noutras ciências, a própria noção de probabilidade implica a admissibilidade do erro, e constitui carácter permanente da verdade científica." (APH, Boletim 1944, 94)
Através desta apresentação, apercebemo-nos melhor do significado de história-ciência para estes homens. É uma história altamente mecânica, causal, metonímica, à procura de leis. Para além disso, se por vezes essas leis são vistas como imutáveis na natureza, também são provisórias na medida em que não são definitivamente cognoscíveis. Desta forma, esta perspectiva torna-se perfeitamente coerente com a ideia de revisionismo histórico presente nos estatutos da APH.
O outro aspecto importante da preocupação com o conhecimento prendia-se com o foco da Academia nos documentos, a importância dos quais era imediatamente visível nas listas de publicações da instituição. Ao longo do Estado Novo, a Academia publicou mais colecções de documentos do que qualquer outro tipo de trabalho historiográfico. Essas compilações eram habitualmente longas e providas apenas de pequenos prefácios. Por outro lado, a Academia também publicava os Anais, que continham trabalhos originais de académicos. No entanto, também estes trabalhos eram em parte constituídos por documentos. Ao invés de simplesmente haver citações para documentos, essas eram habitualmente usadas para bibliografia, enquanto os documentos eram rotineiramente publicados em conjunto com o trabalho, em anexo.
