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Ficava assim o conselho Académico entregue ao novo 1º Vice-Presidente, Caeiro da Mata, que, em virtude da sua posição de ministro, não estava presente em grande parte do dia-a-dia da Academia. Isto é, ficava a Academia maioritariamente nas mãos das duas figuras que mais dependiam de posições institucionais para deter poder: António Baião e Laranjo Coelho.
É precisamente com estes dois indivíduos que Alfredo Pimenta viria a reabrir hostilidades, entre 1943 e 1948. Quando Pimenta começa a escrever pública e abertamente contra a Academia, leva António Baião e Possidónio Mateus Laranjo Coelho a tentar usar as regras da Academia para o afastar por incumprimento de vários estatutos, incluindo o 13º, que proibia “público e notório mau comportamento moral e civil” (“Estatutos”, art. 13º). Depois de uma mudança súbita de ministro da Educação em que Caeiro da Mata era substituído por Fernando Pires de Lima e enviado para a pasta dos Negócios Estrangeiros, o novo Ministro da Educação Nacional pronunciava-se a favor de Alfredo Pimenta. Tanto Baião como Coelho saíram do Conselho Académico. Por seu lado, Pimenta sairia deste conflito extremamente debilitado. Nunca mais poderia participar de forma significativa na Academia. Viria a morrer em 1950. É de notar mais um aspecto deste episódio: Caetano Beirão, também ele fundador da Academia, demitiu-se a dada altura porque achava que a Academia estava a agir de forma ilegítima e maldosa contra Pimenta. Tomou uma posição de princípio, mas tinha muito menos capital social que o conhecido polemista. Não sabemos se o quereria ser, mas de facto nunca foi feito novamente Académico.
Este episódio revela que, entre uma postura concordante e confrontadora, a segunda tinha sido premiada pelo ministro da Educação, enquanto a primeira era rotineiramente premiada pela instituição ao nível local e do dia-a-dia. Ainda assim, com a não reinserção de facto de Pimenta na Academia, e com o retorno futuro de Laranjo Coelho e António Baião, adivinhava-se que, no confronto de personae entre o “homem de letras”, mais independente e confrontacional, e o “Académico”, mais propenso ao acordo e mais dependente da instituição, a APH ir-se-ia aproximar cada vez mais de uma instituição promotora do último. Este caso não deve ser interpretado como anedótico.
