Ainda nesse ano de 1941 , reedita em livro Os Falsos Precursores de Álvares Cabral . O acolhimento favorável desta obra contrastava com a rejeição de outros textos seus, nos quais contestava a narrativa dominante de glorificação patriótica e submetia cada tese arvorada à exigência de prova documental, recusando conjeturas infundadas.

Duarte Leite contestou a «teoria do sigilo», protagonizando um dos episódios mais duradouros do seu confronto com Jaime Cortesão. No apêndice «O sigilo nacional dos descobrimentos», incluído em “Acerca da «Crónica dos feitos de Guinee»” (1941, pp. 191-234), contestou a ideia de que a Coroa portuguesa tivesse imposto, desde o tempo do Infante D. Henrique, uma política deliberada e sistemática de sigilo de Estado sobre as rotas e descobertas marítimas. Essa “teoria” projetava sobre o século XV uma racionalidade de Estado moderna e anacrónica, sem sustentação documental sólida: os silêncios das fontes explicavam-se, no seu entender, por outras razões: a escassez dos meios de registo e de divulgação da época, e não por uma estratégia de sigilo deliberadamente concertada.

Uma carta de Joaquim de Carvalho (1892-1958) enviada a Alfredo Pimenta datada de 19 de outubro de 1934, dá notícia de um projeto de História da Cultura Portuguesa que planeava dirigir em colaboração com Duarte Leite e Hernâni Cidade, que não chegaria a concretizar-se, mas que testemunha o lugar que o professor do Porto ocupava no meio erudito coimbrão. Aliás, a correspondência trocada com Joaquim de Carvalho entre 1933 e 1944 — vinte e nove cartas hoje conhecidas — permite acompanhar de perto o método de trabalho do historiador nos seus últimos anos de vida e confirma o alcance da sua formação científica. Nessas missivas, de forma humilde, confessa ignorar certas matérias, reconhece que “a verdadeira erudição é lenta de adquirir”. É igualmente neste epistolário que se documenta a autoridade do professor de astronomia no domínio da história da ciência náutica: convidado por Joaquim de Carvalho a rever as provas da tradução e das anotações do De Crepusculis de Pedro Nunes — o segundo volume das Obras de Pedro Nunes publicadas pela Academia das Ciências de Lisboa (1943) —, o antigo lente de geometria projetiva sugeriu correções em matéria matemática e astronómica e não hesitou em relativizar a obra que revia: “creio que o De Crepusculis , por muito que eu o admire, não me parece capital na história da astronomia, o que já não sucede ao De revolutionibus de Copérnico, publicado um ano depois do livro português”. Nas mesmas cartas fundamentou a sua leitura de Zurara — cronista que considerava pouco escrupuloso e plagiário — e reafirmou a sua convicção de que não havia testemunho da alegada cultura científica do Infante “no que respeita às três artes liberais dependentes da matemática”.

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