Com a implantação da República em 1910, é eleito presidente da Assembleia Comercial Portuense e vogal do Conselho de Administração da Companhia dos Caminhos de Ferro Portugueses. Deixou este último cargo para assumir a pasta das Finanças, entre 3 e 12 de novembro de 1911, num ministério presidido por João Chagas. Nomeado Presidente do Ministério, de 16 de junho de 1912 a 9 de janeiro de 1913, acumula com a pasta do Ministério do Interior. Durante o seu Governo foi enfrentada com sucesso a primeira incursão monárquica e debelado o problema das greves. Duarte Leite manteve uma postura independente perante os partidos republicanos, que resultaram da cisão do PRP. É nomeado embaixador de Portugal no Brasil, em 1914, sucedendo a Bernardino Machado. O professor de Matemática vai consolidar a relação bilateral entre as duas jovens repúblicas, num período marcado pela Grande Guerra e mais tarde pelo centenário da independência do Brasil e pela primeira travessia aérea do Atlântico Sul, efetuada por Sacadura Cabral e Gago Coutinho, em 1922, a par da visita do Presidente da República, António José de Almeida ao Brasil. Duarte Leite desempenhará funções diplomáticas até 1931, altura em que regressa a Portugal e dá por finda a sua carreira política e diplomática, recusando qualquer tipo de condecorações, inclusive as inerentes ao seu cargo diplomático. Essa mesma independência de espírito, que o apartara do jogo das fações republicanas, viria a marcar a sua atitude perante os poderes instituídos e as correntes historiográficas dominantes no Estado Novo.

Em meados da década de vinte do século XX a historiografia portuguesa inicia um período de assinalada transformação. Na sequência da publicação e edição de fontes desde meados do século XIX — surgindo como pioneiro Diogo Köpke (1808 – 1844), de que se salienta o Roteiro de Álvaro Velho (1838), o Tratado breve dos rios de Guiné do Cabo Verde (1841) e o Primeiro Roteiro da Costa da Índia desde Goa até Diu , de D. João de Castro (1843), a edição da Crónica dos Feitos da Guiné pelo Visconde de Santarém (1791 – 1856), em 1841, e a edição do Roteiro da Viagem de Álvaro Velho por Alexandre Herculano (1810 – 1877), em 1861. A estas edições devem associar-se, em boa medida por via da dinamização dos centenários de 1892, 1894, 1898 e 1915, as coletâneas documentais reunidas por Ramos Coelho (1832 – 1914) e Sousa Viterbo (1845 – 1910), as Cartas de Afonso de Albuquerque editadas por Bulhão Pato (1898) e, nessa esteira, já no século XX, a edição do Esmeraldo de Situ Orbis — a primeira em 1892, por Rafael Eduardo de Azevedo Basto (1840 – 1902), e a segunda em 1905 por Epifânio da Silva Dias (1841 – 1916)—, as obras náuticas editadas por Joaquim Bensaúde (1859 – 1952) e as crónicas de Damião de Góis (1924) e de João de Barros (1932). Devem ainda acrescentar-se a anotação do Roteiro de Lisboa a Goa por D. João de Castro (1882), de Andrade Corvo (1824–1890), as biografias de Vasco da Gama, da autoria de Latino Coelho (1825-1891) e Teixeira de Aragão (1823-1903), tal como as fontes inéditas dos séculos XVI e XVII (1881) por Luciano Cordeiro (1844-1900) e pelo Conde de Ficalho (1837- 1903) a obra de Garcia de Orta). Ora, a edição de todas estas fontes primárias e trabalhos vai originar um conjunto de estudos, que Oliveira Martins (1845 – 1894) inaugura com a publicação de Os Filhos de D. João I , em 1891, e que prossegue com Henrique Lopes de Mendonça ( 1856 – 1931), Moraes e Sousa ( 1845 – 1924), Ernesto de Vasconcelos (1852 – 1930), Vicente Almeida d'Eça (1852 – 1929), António Barbosa (1892 – 1946), Fontoura da Costa (1869 – 1940), Gago Coutinho (1869 – 1959), Armando Cortesão (1891 – 1977), e as propostas interpretativas de Jaime Cortesão (1884–1960). É neste terreno já desbravado, mas carecendo de uma avaliação científica das fontes editadas, que Duarte Leite vai intervir.

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