Os historiadores e intelectuais próximos do regime não poupavam nas críticas às posições e ao pensamento de Duarte Leite. Com destaque para Idalino Ferreira da Costa Brochado, um dos mais inflexíveis defensores de uma história assente nos feitos nacionais, sustentava que as posições do embaixador eram incompreensíveis, e suscitavam, no seu entender, graves perturbações entre os jovens investigadores que se dedicavam à História dos Descobrimentos. Alertava, dessa forma, para o perigo de um retrocesso historiográfico que reabilitasse as teses de Humboldt e seus discípulos — teorias que, no entender de Brochado, haviam sido definitivamente refutadas pelas obras do Visconde de Santarém, Luciano Pereira da Silva e Joaquim Bensaúde. Jaime Cortesão reconhecia a erudição e o rigor documental de Duarte Leite, mas criticava a transposição rígida dos métodos das ciências exatas para a narrativa histórica, marcada, no seu entender, por um «hipercriticismo» de cariz negativista e pautada por uma acidez polémica que afastava a dimensão humana e social da História. Não obstante algumas reservas metodológicas — salientava o carácter fragmentário e por vezes contraditório dos seus estudos —, Jaime Cortesão reiterava o valor científico e a profundidade da obra de Duarte Leite. Concluía que a sua capacidade de formular problemas e expor incertezas, em vez de oferecer respostas dogmáticas, tornara-se fundamental para abrir novas vias ao espírito científico e ao progresso da historiografia portuguesa.

Para Duarte Leite, numa sociedade dominada por um Estado que promovia a reivindicação de heróis e das conquistas nacionais, que disputava as prioridades com outros Estados-império, os verdadeiros êxitos dos Descobrimentos deviam antes atribuir-se à ciência e à técnica do que a desígnios messiânicos. Quando eram deste modo dominantes as leituras do passado com uma forte componente política e ideológica, Duarte Leite procurou rever as propostas historiográficas e as cronologias dos descobrimentos portugueses e espanhóis, com base na documentação disponível, na crítica rigorosa das fontes, na análise filológica dos textos, no estudo da cartografia e da náutica. Seguia um raciocínio semelhante à demonstração matemática, ao formular hipóteses, testar a veracidade dos documentos e eliminar as contradições, aceitando apenas as conclusões sustentadas pelas fontes. Era da opinião que o valor da ciência residia na dissipação da ignorância e na busca da verdade (“Terá falido a Ciência?”, O Primeiro de Janeiro , 27-06-1945).

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