Nem sequer ficou Vitorino Magalhães Godinho numa cátedra de História. Foi empurrado (ou preferiu) instalar-se na Sociologia, onde afinal criou um grupo de discípulos que souberam articular Ciências Sociais com História: Francisco Bethencourt, Rui Santos, Pedro Tavares de Almeida, Jorge Pedreira, Diogo Ramada Curto (que depois se afastou do mestre). A que se juntavam trabalhando junto dele ou acompanhando-o David Justino, Maria Eugénia Mata, Nuno Valério, Jorge Crespo. Fora, Joaquim Romero Magalhães, Aurélio de Oliveira, João Marinho dos Santos. Foi a gente que sustentou a primeira fase da Revista de História Económica e Social, com que o grupo de discípulos proveniente do Instituto Superior de Economia e Gestão arrancou (1979-1989). Também foi nos anos Oitenta que se fundou a Associação Portuguesa de História Económica e Social que tem crescido em número de associados e em realizações importantes. A esses arranques Magalhães Godinho presidiu e deu o primeiro alento.

Sem desânimo, e aberto à colaboração, onde sente que deve intervir, aceitou ser nomeado em 1984 para um lugar para que a sua preparação e vocação o tornava candidato óbvio: a direcção da Biblioteca Nacional de Lisboa. Pouco tempo teve, porém, para pôr de pé um plano maduramente meditado, em que visava dar à Biblioteca o lugar de vanguarda e o brilho dos tempos de Jaime Cortesão e Raul Proença. A impossibilidade de o fazer foi dolorosa em extremo para Vitorino Magalhães Godinho, que se deixou enredar nos ínvios procedimentos da administração pública, em que não acreditava. A impossibilidade de erguer a Biblioteca Nacional ao lugar que devia ser o seu foi não menos grave para a cultura portuguesa. Em 1988 chegava a jubilação, que permitiu a discípulos e admiradores uma publicação de Estudos e Ensaios em Homenagem a Vitorino Magalhães Godinho. Onde há colaboradores como Frédéric Mauro, Alberto Tenenti, Albert Silbert, Immanuel Wallerstein, S. N. Eisenstadt, Michel Morineau ou Suzanne Daveau. Para além dos portugueses, seus discípulos ou companheiros de trabalho e pesquisas.

Considerou Magalhães Godinho que a sua vida fora traçada por três vectores: o professorado, a pesquisa científica e a intervenção cívica. Ao fazer os 70 anos encerrava-se o professorado. Muito embora continuasse a realizar conferências, a participar em reuniões e por vezes (até 1993) a fazer parte de júris de provas académicas. Porém, a actividade lectiva terminara.

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