Para a BNL foi criado o cargo de diretor, responsável pela administração geral, pelo cumprimento das disposições regulamentares e de todas as ordens emanadas do bibliotecário - mor, a quem ficava obrigado a prestar informações sobre os serviços, através de um relatório trimestral.
As mudanças técnicas operadas na curta direção de António Enes traduziram-se num diferente quadro orgânico das Bibliotecas e Arquivos, com novas nomenclaturas, além da criação do curso de bibliotecário-arquivista, onde regeu a cadeira de bibliologia. Licenciado no Curso Superior de Letras, jornalista, dramaturgo e co-autor de uma História de Portugal, conhecido sobretudo pelas suas lides no campo da política colonial, aproveitou esta promoção facultada pelos seus correligionários progressistas para se entregar mais à biblioteconomia.
A missão da Biblioteca Nacional foi clarificada na legislação de 31 de Dezembro de 1863 e sublinhada pela lei de 29 de maio de 1884, destacando-se dois aspetos essenciais e correlacionados: a consideração da “leitura pública” como uma das funções da BNL e o seu alargamento a todas as pessoas, sem exceção de classe, acauteladas as formalidades inerentes ao cuidadoso empréstimo de livros. A existência de um horário noturno de leitura, mesmo que limitado a duas e depois três horas, é reveladora do caráter público da Biblioteca Nacional. Esta linha de funcionamento manteve-se até ao final do período monárquico, tendo sofrido depois alguma oscilação, consoante a orientação política dos governos republicanos.
A continuidade da obra iniciada por A. Enes foi assegurada durante o mandato de diretor do erudito, Gabriel Pereira, que exerceu este cargo por 15 anos, o tempo suficiente para proceder a uma “arrumação” das várias secções da BNL e desenvolver estudos de caráter histórico, como forma de divulgação dos fundos da Biblioteca, nomeadamente o que dizia respeito aos Alcobacenses.
Admitido em 1887 para executar trabalhos bibliográficos na Biblioteca Nacional de Lisboa, Gabriel Pereira acabou por suceder a António Enes, colocando ao serviço da BNL os seus conhecimentos literários, bibliográficos e historiográficos, profusamente fixados em pequenas monografias sobre temas da história local (Ericeira, Carnide, S. Domingos de Benfica, entre outros, para além de uma vasta e sólida investigação sobre Évora, a sua terra natal) e vários artigos publicados em diferentes periódicos.