Da sua vasta obra podemos salientar: O marquês de Pombal e a sua época (1909); História dos cristãos novos portugueses (1922); Épocas de Portugal Económico. Esboços de História (1929); e Organização económica (História de Portugal, dir. Damião Peres, vols. II, III e V, 1929-1933). Pela sua relevância, estes dois últimos trabalhos merecem referência especial. Épocas de Portugal Económico (1.ª ed, 1929 e 2.ª ed., 1947) já foi considerada como «a nossa primeira, e talvez ainda a única história económica» (Maria A. S. de Azevedo, Op. Cit., 1963). De facto, pela profundidade e rigor da investigação e pelo caráter inovador das perspetivas (por exemplo, ao invocar o “contexto materialista da história”), ela destaca-se das anteriormente referidas, de caráter mais genérico, pedagógico e de síntese. No início da obra, na mensagem dirigida “Ao Leitor” (Lisboa, Outubro de 1928), o autor esclarece: «Os estudos de que se compõe este volume obedecem ao contexto materialista, não único, mas certamente indispensável para a compreensão da história. As nações não vivem só de heroísmos, assunto predilecto dela. Para cada povo existe, como para os indivíduos, uma conta de Deve e Haver, que nos dá o quilate das suas prosperidades e por onde, cedo, até para o maiores impérios, os pródromos da decadência se anunciam» (João Lúcio de Azevedo, Épocas de Portugal Económico, 2.ª ed., 1947, p. 7).
Lúcio de Azevedo adotou a teoria dos ciclos – similar à do historiador alemão Wilhelm Roscher (1817-1894) –, elaborando uma nova periodização da história económica de Portugal, consoante a predominância de um produto, em cada época: “A monarquia agrária”, “Jornada de África”, “A Índia e o ciclo da pimenta”, “O império do açúcar”, “Idade de oiro e diamantes” e “No signo de Methuen”. Como já tivemos o ensejo de sublinhar noutro estudo, «Pesem embora as limitações do modelo – dado que outros produtos poderiam ser invocados, pela sua importância na história económica portuguesa, como o sal, o azeite, a madeira, o algodão, a lã, etc. (Jorge Borges de Macedo, «João Lúcio d´ Azevedo e o seu tempo», 1967, p. XXXV), o seu uso foi meritório, por se apresentar como alternativa à periodização tradicional e ainda não totalmente abandonada, essencialmente política» (José Amado Mendes, «Desenvolvimento...», 1996, p. 204). Outra das limitações reside no facto de o autor não ter focado o período posterior aos inícios de Oitocentos.