Outros fundos documentais não devem ser esquecidos. Ainda na Torre do Tombo, temos a Colecção São Vicente, constituída pelos documentos oriundos do convento/palácio de Mafra, que formavam o arquivo morto do Estado ou os Manuscritos da Livraria, com espécies provenientes da nacionalização dos bens das ordens religiosas, dos jesuítas, do Santo Ofício, da Real Mesa Censória e também de origem particular, sobretudo os que pertenceram ao 2.º Visconde de Santarém e serviram para a elaboração da sua obra. A biblioteca da Academia das Ciências de Lisboa foi também herdeira das livrarias dos conventos extintos, nomeadamente o fundo proveniente do antigo Convento de Nossa Senhora de Jesus, também conhecido por «Documentos dos Frades», catalogado com a designação de Série Vermelha. A Biblioteca da Ajuda possui um valioso depósito de manuscritos composto por 2.439 volumes de códices pertencentes ao antigo Fundo da Coroa, que foi com a família real para o Brasil e voltou em 1821. As secções de «Reservados» da Biblioteca Nacional de Lisboa, da Biblioteca Pública de Évora e da Biblioteca Geral da Universidade de Coimbra dispõem de notáveis fundos relativos às relações de Portugal com as outras potências, nos séculos XVII e XVIII. Finalmente, quanto aos arquivos estrangeiros, existem alguns catálogos dos manuscritos com interesse para a História Diplomática portuguesa: os da Biblioteca Britânica foram inventariados por Frederico Francisco de La Figanière (1853) e pelo Conde de Tovar (1932); Morel-Fatio enumerou os do Fonds Portugais da Biblioteca Nacional de França (1892) e Luís Ramalhosa Guerreiro (2000) procedeu ao sumário detalhado desses documentos. Trabalho semelhante foi também realizado por Charles Boxer no que diz respeito aos State papers de Portugal (1979-1983), arquivados no Public Record Office deLondres, aberto em 1838.