A ideia de reunir num arquivo único a documentação não utilizada no expediente das repartições diplomáticas só se concretizou em 1950, último ano da segunda gerência da pasta dos negócios Estrangeiros por Caeiro da Mata (Portaria n.º 13152 do MNE). No entanto, ao longo da segunda metade do séc. XIX, já tinham dado entrada no Arquivo Nacional da Torre do Tombo, então no antigo mosteiro e actual palácio de São Bento, várias séries de livros e documentos provenientes da Secretaria de Estado dos Negócios Estrangeiros. Tratava-se da correspondência dessa repartição e das várias legações de Portugal no estrangeiro, a partir da regência de D. Pedro e da assinatura da paz luso-castelhana (1668). Bastante lacunar para o período anterior ao Terramoto de 1755, devido ao incêndio que consumiu o Paço da Ribeira, essa documentação foi inventariada por Maria do Carmo Jasmins Dias Farinha (1990), mas a posterior a 1833-34 permaneceu nas próprias instalações do Ministério dos Negócios Estrangeiros. A sua utilização com fins de investigação histórica foi autorizada em 1921, contudo, só em 1965 foi dada possibilidade de acesso a esses fundos e reconhecida a necessidade de garantir serviços de acolhimento ao público. Só após a adesão de Portugal à União Europeia se assistiu a uma maior liberalização do Arquivo Geral do MNE, que passou a chamar-se Arquivo Histórico Diplomático. O seu primeiro regulamento (1987) estipulou um mínimo de 30 anos sobre a data do documento como regra geral de acesso à consulta. Nessa altura, foi também criada a Comissão de Seleção e Desclassificação.
Os arquivos portugueses são riquíssimos e extremamente fecundos, mas dispersos e pouco sistematizados. Refira-se, nomeadamente, que apesar da separação das Secretarias de Estado dos Negócios Estrangeiros e da Guerra (1822), parte da documentação permaneceu junta e foi incorporada no núcleo Conselho de Guerra da Torre do Tombo. Aí se encontram também fontes importantes para a história diplomática portuguesa, inventariadas e classificadas (1866-89) pelo Capitão Cláudio de Chaby, obra completada por Madureira dos Santos (1957-68), resultando num catálogo que inclui todos os decretos promulgados pelo Conselho de Guerra, desde a sua criação (11-12-1640) «para tratar das cousas tocantes à guerra» até à sua extinção (1-8-1834).