Nos anos 60 e 70 foi-se difundindo entre as elites e a juventude uma contra-cultura crítica em relação aos excessos de um nacionalismo retórico e passadista. Refiram-se a título de exemplo, a influência que tiveram o Dicionário de História de Portugal (1963-71) de Joel Serrão, os Ensaios de V. Magalhães Godinho (1968-71) e a edição póstuma (1972) da Breve interpretação da história de Portugal de António Sérgio. No seio de cada uma das grandes narrativas acima referidas encontram-se aliás estratégias bem diversas. Mas a herança de historiadores do século XIX como Herculano, Oliveira Martins e Teófilo Braga – que, lembre-se, construiram teorias da nação portuguesa muito diferentes, ora sublinhando a componente da vontade política das elites ora valorizando um determinismo étnico - mantinha-se viva.
Note-se ainda que no seio da narrativa laica da história nacional continuou a afirmar-se um atitude crítica em relação às intromissões do patriotismo na operação historiográfica, que vem de Herculano até Vitorino Magalhães Godinho, passando por Oliveira Martins, António Sérgio e Raúl Proença. No interior desta genealogia historiográfica, afirma-se também uma posição crítica em relação às ritualizações da história. Tome-se como exemplo o ponto de vista crítico de Godinho em 1947: “Os aniversários e os centenários só podem ser úteis se constituirem ensejo para estudar problemas, meditar directrizes, criticar certezas dogmáticas; caso contrário, mumificam os vivos, sem ressuscitar os mortos. Este espírito saudosista de comemorações incríticas significa que há interesse em desviar as atenções de questões actuais, em evitar que se reflicta clarividentemente e se colham informações objectivamente sobre elas; representa o esforço de impedir que o presente se transforme em futuro, o esforço de fazer regressar hoje ao que foi outrora. Tal tradicionalismo, apresentando-se como defesa das glórias do passado, mutila-as, decepa a tradição” (Comemorações e história, 1947, pp.14-15). Este tradicionalismo nacionalista a que se referia Magalhães Godinho dominou até aos anos 50, para, sofrer nítida erosão a partir da crise do regime de 1958-62 e do V Centenário da morte do Infante D. Henrique (1960).
Se muitos divulgadores da história nacional, de Pinheiro Chagas a José Hermano Saraiva passando por João Ameal e tantos outros, foram comandados, nas suas obras, por ideários nacionalistas de diversos matizes, indiscutível é que até finais do século XX a afirmação da história como disciplina autónoma em relação aos poderes instituidos se processou num movimento de distanciação crítica em relação às intromissões destes nacionalismos.