Já o franquismo, por razões várias, acabou por nesses anos subalternizar a problemática colonial, distanciando-se a este respeito das posições de Portugal. Neste tópico reside decerto uma diferença fundamental entre a experiência histórica e os nacionalismos dos dois países ao tempo das ditaduras.
No entanto, nos seus últimos decénios o Estado Novo de Salazar resistiu mais à mudança do que o franquismo – uma longa guerra colonial em três frentes (1961-1974) e o consequente isolamento internacional contribuiram decerto para esse bloqueio. No caso português, o crescimento da Universidade foi drasticamente estancado até aos finais dos anos 60: o número de doutoramentos em História e o número de professores (incluindo catedráticos) nesta área era extremamente reduzido em termos relativos (apenas 10, em 1955), em comparação com o caso espanhol (62 na mesma data) (I.Porciani e L. Raphael (Eds.), Atlas..., 2010, pp.123 e 129).
Se o franquismo constituiu uma ruptura bem mais profunda e radical com o passado liberal, laico e republicano, nos anos sessenta houve grandes novidades, nomeadamente, o facto de alguns historiadores que, em contacto com outras universidades europeias, sobretudo alemãs e francesas, adoptaram uma postura mais crítica e aberta e, alegadamente, distanciando-se do regime. Tal como em Portugal, a cultura de importação mais influente na Espanha do século XIX foi a francesa, muito por via dos emigrados políticos e da literatura de viagens. A obra de Rafael Altamira exprimiu bem esse contacto com a cultura histórica francesa, nos finais do século XIX e princípios do século XX, muito marcada pela história metódica de Charles Seignobos, evidente até na ferramenta conceptual que mobilizou (civilização, alma nacional, psicologia do povo, regeneração) e contribuiu decisivamente para a profissionalização dos historiadores em Espanha. Altamira deixou marcas profundas, inclusive na pedagogia da história , com La enseñanza de la historia (1891). Este livro marcou uma época em que, para além das exigências de rigor científico, a história era também considerada – e não só em Espanha – um instrumento de educação nacional. Escrever a história de Espanha era para Rafael Altamira “um dever patriótico” (I. Peiró, Historiadores en España, 2012, p. 112). Tal como em Portugal para o seu contemporâneo Jaime Cortesão.