Porém, nos 3 cursos de habilitação recém-criados para formação de professores, bibliotecário-arquivista bem como para diplomático, poderia alargar-se às seguintes cadeiras: Filologia Latina, Língua e Literatura Alemã e Inglesa, Pedagogia, História e Pedagogia, Língua Inglesa, Bibliologia, Paleografia, Diplomática, Numismática.

Na nova organização podemos ver que a cadeira de História Pátria deixa cair a vertente Universal, e a História Universal Filosófica é eliminada com a criação apenas de uma cadeira de Filosofia. Já Adolfo Coelho torna-se professor de pedagogia e a cadeira de Filologia é subdividida em diferentes variantes, ainda que este continue a lecionar pelo menos filologia românica, José Maria Rodrigues é, contudo, convidado para assumir a cadeira de filologia latina.

De entre a vaga de novos professores é de destacar Joaquim da Silva Cordeiro, convidado para reger a cadeira de filosofia. Como antigo aluno do curso havia escrito uma obra à acerca da filosofia da história, onde a influência do positivismo francês se fazia notar. Contudo, essa orientação cientista dará lugar mais tarde a preocupações de ordem política, aproximando-se do campo socialista, ao recusar algumas teses do positivismo que segundo ele levariam a um “intelectualismo demasiado abstracto e teórico” (vd. Amadeu Carvalho Homem, “Do «Iluminismo» ao Positivismo…”, 1981, pp.29-76).

Na sua obra A Crise em seus Aspectos Morais, que é um dos mais importantes ensaios de reflexão social, política e económica do final de oitocentos, podemos encontrar essa crítica filosófica ao positivismo e a outras correntes de pensamento. Em termos históricos essa condenação é direcionada à idealização histórica e aos juízos de valor, pelo que procura sobretudo compreender as contradições da sociedade do seu tempo, servindo-se em boa medida dos avanços nas ciências sociais, especialmente da psicologia (vd. Sérgio Campo Matos, “Introdução”, Joaquim Silva Cordeiro, A Crise…, 1999, pp.XIII-LVIII).

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