Essa actualização torna-se evidente no manuscrito do programa de 1885 quando nos fala dos fenómenos mentais e das faculdades do inconsciente, reconhecendo a necessidade do estudo da psicologia para a sua compreensão. Podemos observar também a ênfase nos critérios da certeza, no domínio da ciência e da filosofia, numa clara alusão aos princípios positivistas.

Apesar de tudo, Sousa Lobo procurou comprovadamente a renovação dos estudos histórico-filosóficos visto que, tal como outros professores, propôs por diversas vezes reformas no curso e a criação de novas cadeiras. Pelo que foi dito no parágrafo anterior, psicologia seria uma delas, algo igualmente defendido por Teófilo Braga. No entanto, o professor de Filosofia também sugeriu a criação de uma cadeira de Lógica.

Apesar da 4ª cadeira versar sobre filosofia, alguns dos seus conteúdos eram bastante próximos da 1ª (História Pátria) e 5ª cadeira (História Universal Filosófica) respectivamente. Tanto que o conselho Superior de Letras em 23 de Dezembro 1885 reconhece os professores dessas cadeiras como “substitutos naturais” uns dos outros, em caso da impossibilidade de lecionar por qualquer um deles, dadas as relações de dependência dessas cadeiras. A história era, portanto, iluminada pela filosofia na busca de inteligibilidade dos sucessos históricos, e a filosofia revia-se na história confirmando as suas teorias.

No entanto, foi, por exemplo, o professor de literatura moderna, Teófilo Braga, quem regeu interinamente a cadeira de História Universal e Pátria em 1878. O que só demonstra que a história e a filosofia dominavam também as preocupações de docentes de outras cadeiras. Acresce o facto que o absentismo dos docentes era recorrente, como no caso de Sousa Lobo, que na década de 1870 exerceu funções políticas e foi deputado. Encontrar substitutos apropriados era por vezes difícil, sendo que ausências por motivo de saúde eram também comuns.

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