No entanto, esse historial de proximidade às concepções da filosofia da história irão acompanhá-lo, corrigidas de certo dogmatismo, assim como as primeiras reflexões em torno do positivismo. O que se confirma pela recomendação das obras de Harald Høffding e de Alfred Weber como manuais de estudo, ambos marcados pela tradição da filosofia da história.

Apesar de diferenças ideológicas e políticas entre professores, torna-se cada vez mais notório o triunfo das ideias associadas a um vago positivismo entre o corpo docente. Isso acontece como vimos em Silva Cordeiro, mas também Manuel Maria de Oliveira Ramos e Francisco Xavier da Silva Teles, responsáveis pelas cadeiras de História Antiga e de Geografia respectivamente, que se inclinam nessa mesma direção. Curiosamente, as bases para as cadeiras saídas da reforma haviam de ser lançadas por Teófilo Braga e Consiglieri Pedroso, pois tinham regido provisoriamente as cadeiras de Geografia e História Antiga até ao lançamento de concurso, pelo que não é de estranhar a orientação que se seguiu.

Esses resultados são algo paradoxais em relação à evolução programática do curso, uma vez que as propostas positivistas, com Teófilo Braga à cabeça, não se reflectem no plano de estudos, nem se materializa uma viragem para a sociologia como preconizam os seus prosélitos. É Adolfo Coelho quem parece levar a melhor, no entanto, com a expansão do curso, para compensar Teófilo parece ganhar ainda mais apoiantes do seu ideário. A deterioração da situação política e o avanço do republicanismo entre as elites intelectuais foram provavelmente de grande contributo para esses desenvolvimentos.

Essa tendência prossegue após a morte de Consiglieri Pedroso em 1910, sendo então chamado para o substituir Agostinho Fortes, que se tinha apresentado a concurso em 1904 para a cadeira de História Antiga. Como fora então aprovado, mas preterido em favor de Oliveira Ramos, requereu a entrada sem concurso por ter prestado provas sobre as temáticas da cadeira, apesar dos protestos de outros candidatos. O fio condutor da sua perspectiva histórica está no republicanismo demoliberal, recolhendo ecleticamente elementos teóricos, segundo a óptica de uma história da civilização, de pensadores de pendor positivistas e socialistas.

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